Система управління Охтирської ЗОШ І-ІІІ ступенів № 3 відповідає ст. 24 Закону України «Про освіту» № 2145-VIII від 05.09.2017 та Статуту закладу (затверджений рішенням Охтирської міської ради від 09.11.2018 № 1347-МР).
Управління Охтирською ЗОШ І-ІІІ ступенів № 3 в межах повноважень, визначених законами та установчими документами закладу, здійснюють:
1) засновник – засновником Охтирської загальноосвітньої школи І-ІІІ ступенів № 3 є територіальна громада в особі Охтирської міської ради Сумської області через уповноважений орган (відділ освіти Охтирської міської ради). Органом, до сфери управління якого входить заклад, є виконавчий комітет Охтирської міської ради.
2) керівник закладу освіти – директор Охтирської загальноосвітньої школи І-ІІІ ступенів № 3 Тетяна Михайлівна СИТНІК. Керівник закладу освіти здійснює безпосереднє керівництво закладом і несе відповідальність за освітню, фінансово-господарську та іншу діяльність закладу.
3) основний колегіальний орган управління закладом – педагогічна рада, повноваження якої визначаються Законом і Статутом закладу освіти. Керівник закладу є головою педагогічної ради.
4) вищий колегіальний орган громадського самоврядування – загальні збори (конференція колективу закладу, що скликається не менше одного разу на рік).
5) колегіальний орган громадського самоврядування – наглядова (піклувальна) рада, яка створюється за рішенням Засновника відповідно спеціальних законів, яким визначається порядок її формування, відповідальність, перелік і строк повноважень.
6) у закладі діють:
– органи самоврядування працівників закладу;
– органи самоврядування учнів;
– органи батьківського самоврядування.